27 ноября 2007 года был подписан Протокол "Об организации железнодорожного сообщения между Украиной, Российской Федерацией и Республикой Молдова"

Проблема железнодорожного сообщения является наиболее актуальной для жителей всего Приднестровья. Введением ограничительных мер, Республика Молдова подорвала не только экономику ПМР,  но и лишила граждан возможности свободного передвижения. Как сообщила «Независимая газета», лидер народно-республиканской партии Молдовы Николай Андроник считает, «что в сложившейся ситуации виновато руководство Молдовы, которое, закрыв для приднестровцев железнодорожное сообщение с миром, пытается повлиять на их политические пристрастия, тем самым, осложняя жизнь своим гражданам, которые работают в России».

С 4 марта 2006 года все грузы и пассажирские поезда по инициативе руководителей Молдавской железной дороги стали проходить по железнодорожной ветке севера Молдовы через Западную Украину, которая требует ремонта. Тем самым, увеличилось время движения поездов, стоимость проезда и опасность несчастных случаев. По мнению российских железнодорожников, это вносит разнобой в график всего железнодорожного движения по Российской Федерации, а также по Украине.  В связи с этим 31 октября 2006 года ОАО "Российские железные дороги" отказались пропустить поезд № 47 в столицу РФ по нынешней схеме движения через север Молдовы.

24 ноября 2006 года в Киеве прошла встреча руководителей железнодорожных администраций Украины, Российской Федерации и Республики Молдова. Итогом стало подписание 27 ноября Протокола "Об организации железнодорожного сообщения между Украиной, Российской Федерацией и Республикой Молдова", в соответствии с которым 15 декабря будет восстановлено движение пассажирского поезда 65/66 по маршруту Москва – Киев – Тирасполь – Кишинев.